Im Dreißigjährigen Kriege war Rennertshofen mehrmals der Mittelpunkt wichtiger Operationen.
Der Dreißigjährige Krieg ging nicht spurlos an Rennertshofen vorbei. Plünderungen, Brandschatzungen, Ausbeutungen der ganzen Gegend waren an der Tagesordnung.
Im Juli 1620 marschierte nach einem Bericht von Stadtpfarrer Willibald Herlein in der Donauebene ein Heer von 30.000 Mann vorbei. Es war die Armee der Liga unter Herzog Maximilian und Tilly.
Wandfresko im Sitzungssaal des Rathauses
(freigelegt 1977 anlässlich Umbau- und Renovierungsarbeiten)
1633 ging die bayerische Armee unter Altringer von München nach Regensburg und von da aus nach Neuburg, beschoss es stark aus der unteren Vorstadt bei einem Turme hinter dem Schlosse an der Stadtmauer. "Aber Feldmarschall Horn ging ihr am 30. Mai von Donauwörth entgegen, traf den Feind bei Rennertshofen, von welchem etliche gefangen und an 200 niedergeschlagen wurden." Matthäus Merian erwähnt in seiner Topographia Bavariae (1644), Seite 93, folgenden Vorfall:
"Am 27. Mai 1633, als die Kaiserlichen zur Fütterung ausritten und ihre Armee Neuburg a.d. Donau angreifen wollte, haben diese von den Schweden, welche bei Donauwörth eilends zusammenkamen, bei Rennertshofen Schaden gelitten."
Schlimmer wurde im Dreißigjährigen Krieg für Rennertshofen das Jahr 1633, über dessen Elend das Sterberegister der Pfarrei Rennertshofen aussagt.
In den Markt Rennertshofen hatten sich damals die Bewohner von vielen Nachbarorten geflüchtet, um hier, wenn auch nicht vor den regulären Truppen, so doch vor dem herumstreifenden Gesindel hinter den Mauern des Marktes Schutz zu finden. Aber gegen den Hunger und die Pest schützten die Mauern des Marktes Rennertshofen nicht.
Im Markt Rennertshofen, der damals 700 bis 800 Einwohner zählte, starben im Jahre 1633 nicht weniger als 596 Bewohner, einmal an einem Tag, am 13. September 1633, 24, wovon 17 in einer Grube beerdigt wurden. Ein Mann aus Hütting hatte sich damals bis an das Tor von Rennertshofen geschleppt, war mit den Sterbesakramenten versehen worden und wurde vom Tode ereilt.
Ein Mädchen aus Neuhausen war ebenfalls in den Markt geflüchtet, bei dem Hause des Metzgers vor Hunger zusammengesunken und verschieden.
Am gleichen Tage starb ein Kind des Hirten von Treidelheim, der seine hungernden Kinder im Stich gelassen hatte und mit den Soldaten fortgezogen war.
Auch zahlreiche Kinder waren aus der Nachbarschaft in den Markt Rennertshofen geflohen und sind hier hilflos umgekommen, ohne dass man nur ihre Namen erfuhr.
Zwei Rohrbacher Bewohner wurden im Schlosse zu Rennertshofen von Rainachschen (bayerischen) Reitern erschossen.
Man konnte die Leichen nicht alle im Gottesacker unterbringen und grub sie manchmal gleich im Hausgarten oder auf einem Acker ein.
Die Trauungen wurden häufig im Hause, einmal am 23. August 1633 sogar in einem Stalle vorgenommen, wo der Bräutigam, Schneider Lotter aus Trugenhofen, krank daniederlag.
Bei einer Trauung am 10. Juli 1633 ist vermerkt, dass das heilige Messopfer nicht gefeiert werden konnte, weil die Soldaten die Paramente geraubt hatten. Häufig unterblieb aus Mangel an Lebensmitteln das Hochzeitsmahl oder es bestand nur aus Bier und Brot, an dem man sich jedoch nicht satt essen konnte.
Mehrfach kommen auch Trauungen katholischer Soldaten im schwedischen Heere vor, die entweder eine Soldatenwitwe oder auch ein Mädchen aus hiesiger Gegend zur Ehe nahmen.
So groß aber auch die Not der Leute war, so wurden doch nebenbei gewaltige Kriegssteuern, Kontributionen, Rekruten- und Quartiergelder herausgepresst.
Im Jahre 1634 besetzten kaiserliche und bayerische Truppen die Gegend, aber die Misshandlung des Landvolkes wurde nicht geringer, Hunger und Pest dauerten fort.
Erst das Jahr 1635 brachte wieder etwas Ruhe. Die Pest hörte auf, was man der Fürbitte des Heiligen Sebastian zuschrieb.
Die Jahre 1637 und 1638 brachten neues Elend durch die häufigen Truppendurchmärsche, besonders schlimm aber wurde das Jahr 1639.
Zwei Kompanien des Gailing´schen (bayerischen) Kürassierregimentes samt dem Stabe hatten als Winterquartier das Landgericht Graisbach erhalten und mussten von den Untertanen verköstigt und bezahlt werden.
1639 wird dem Gailing´schen Kürassierregiment zu 800 Mann unter anderen Orten auch Rennertshofen angewiesen.
1646 zieht General-Wachtmeister Spork von Rennertshofen nach Ingolstadt, verlor aber durch die Landleute, die sich in die Wälder geflüchtet hatten, viele Leute.
Das Jahr 1648, das letzte des Krieges, war eines der traurigsten und brachte noch einmal eine gänzliche Ausplünderung der Gegend.
Am 24. Oktober 1648 erfolgte der Friedensschluss zu Osnabrück und Münster.
Dies ist alles, was man von damals über das Schicksal des Marktes Rennertshofen auffinden kann.